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A cura di dottoressa Rosanna Cesena

Nuovo software italiano studia le varianti del virus Sars CoV-2

Il progetto del CNR e delle Università di Milano e Bari faciliterà anche le ricerche sui farmaci

E' sviluppato in Italia un nuovo software per facilitare lo studio delle varianti del virus Sars-CoV-2. Lo strumento, accessibile a tutta la comunità scientifica, si chiama CorGAT (Coronavirus Genome Analysis Tool) e permette di confrontare le sequenze genomiche di uno o più virus in pochi secondi, identificando le differenze e predicendo le possibili conseguenze sulla attività del virus stesso.

Il risultato, che potrebbe avere implicazioni per lo sviluppo di terapie e vaccini è pubblicato sulla rivista scientifica "Bioinformatics" dai ricercatori dell'Istituto di biomembrane, bioenergetica e biotecnologie molecolari del Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR-Ibiom) di Bari, della Università di Bari stessa e del Dipartimento di Bioscienze della Università Statale di Milano.

CorGAT esegue in modo rapido e veloce l'annotazione funzionale del genoma di Sars-CoV-2, un processo che è in grado di identificare le principali differenze tra i genomi di diversi ceppi del virus e di predirne le possibili implicazioni funzionali.

Applicando CorGAT a più di 50.000 sequenze genomiche, i Ricercatori sono stati in grado di delineare le dinamiche evolutive del coronavirus e di individuare le regioni del genoma che accumulano più mutazioni. Dalle ricerche è emerso che la parte più variabile del genoma di Sars-CoV-2 è associata ad un elemento di struttura secondaria noto come s2m che in questo coronavirus sembra avere una struttura meno efficiente e definita rispetto a quella osservata in altri virus dello stesso tipo. Secondo gli esperti  l'applicazione su larga scala dello strumento e di strumenti simili può facilitare lo studio dei possibili effetti delle nuove varianti nel genoma di Sars-CoV-2, contribuendo indirettamente anche alla progettazione di farmaci e vaccini.

La rapida identificazione di ceppi virali emergenti o di varianti genetiche potenzialmente associate a nuove caratteristiche è uno degli obiettivi più importanti della "sorveglianza genomica": lo studio del genoma dei patogeni, e si applica, ad esempio per la identificazione e la caratterizzazione delle nuove varianti del virus. La sorveglianza genomica rappresenta una delle prime linee di difesa per il controllo della diffusione dei patogeni umani ed è una risorsa fondamentale per lo sviluppo di terapie e vaccini.

CorGAT viene aggiornato costantemente per offrire informazioni sempre più accurate e precise. Lo strumento è stato realizzato con il supporto della piattaforma cloud Laniakea, resa disponibile dalla Compute Platform del nodo italiano dell'Infrastruttura di ricerca europea Elixir per le Scienze della vita, coordinata dal CNR.

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